Das Deutsche CHIP Register erfüllt alle datenschutzrechtlichen und technischen Ansprüche zur Verwaltung sensitiver Patientendaten. Die Datenschutzgrundverordnung (DSGVO) ist die Grundlage für die sichere Erfassung und Verwaltung der pseudonymisierte Daten. Die alleinige Datenhoheit liegt beim Patienten.

Sämtliche Gesundheitsdaten werden pseudonymisiert auf sicheren Servern in Deutschland verwaltet. Die Risikoanalyse zur Datensicherheit bescheinigt dem Deutschen CHIP Register ein niedriges Sicherheitsrisiko. Dies entspricht dem Sicherheitsniveau zum Schutz von Krankenkassendaten oder Onlinebanking.